1、适宜保藏的母种。要挑选菌丝生长均匀、生长势强、颜色洁白、刚长满试管的母种进行保藏。

　　2、选择适宜菌种保藏的培养基。灵芝母种常用马铃薯葡萄糖琼脂（ＰＤＡ）培养基，培养基还需加入少量的缓冲剂，如0.2％磷酸二氢钾或磷酸氢二钾，以中和菌种保藏过程中菌丝代谢产生的有机酸。培养基有足够的水分，可延长保藏时间。

　　3、试管口的棉塞改为胶塞，并用石蜡封口，然后用黑色油纸把试管包好，防止培养基水分蒸发。

　　4、冰箱温度调至4℃左右，把装有供保藏母种的试管放入，可保藏约3个月。如果要继续保藏，需要移植到新管中，待长满后再放入冰箱内。冰箱温度不能过低，否则会造成培养基结冰而脱水；而温度过高时，菌丝会加快呼吸，缩短保藏时间。

　　5、经保藏的菌种在生产使用之前，要先移植活化，然后挑选生长势强的进行扩大繁殖。